Rupke wurde in Rotterdam, Niederlande, geboren; seine Ausbildung in den Geowissenschaften schloss er mit den Graden eines B.Sc. der Rijksuniversiteit Groningen (1968) und eines M.A. und Ph.D. der Princeton University (1970/1972) ab; sein Spezialgebiet war die Meeresgeologie. Bevor er zur Wissenschaftsgeschichte wechselte, veröffentlichte er u.a. in den Smithsonian Contributions to the Earth Sciences, (Distinctive Properties of Turbiditic and Hemipelagic Mud Layers, Washington, DC, Smithsonian Institution Press, 1974), ferner das Kapitel über "Deep clastic seas" in Sedimentary Environments and Facies (Oxford, Blackwell, 1978), und verschiedene andere Aufsätze in führenden geowissenschaftlichen Zeitschriften. 

Unterstützt wurde Rupkes in seinen Forschungen mit fellowships der Smithonian Institution, der University of Oxford, der Alexander von Humboldt-Stiftung, des Wellcome Trust, des Institute for Advanced Studies der Niederlande, des US-amerikanischen National Humanities Center und des Institute of Advanced Studies der ANU/ Canberra. Von 1994 bis 1997 war er Direktor des Göttinger Instituts für Geschichte der Medizin und im folgenden Jahr erster Inhaber des Nelson O. Tyrone Chair im History Department an der Vanderbilt University/ Nashville. Bei seiner Rückkehr  nach Göttingen wechselte er als Direktor an das Institut für Wissenschaftsgeschichte. Unter seinen Ehrenernennungen sind die Mitgliedschaft der Geological Society of America, der Geological Society of London, der Royal Historical Society, der Deutschen Akademie der Naturforscher Leopoldina und der Göttinger Akademie der Wissenschaften.

Titelbild des Bandes mit Humboldts letztem Portrait aus dem Jahr 1859 vor der Kulisse des Chimborazo

Nicolaas Rupke     Alexander von Humboldt: a Metabiography «A magisterial piece of research, clearly written, logically organized and flowing naturally from one epoch to the next.» (James R. Moore, Cambridge and Open University) «A great and pioneering book, offering a brilliant synthesis of the core appropriation of Alexander von Humboldt in Germany from the middle of the nineteenth century to the present.» (Michael Zeuske, Cologne)

Neuauflage     Das Buch Alexander von Humboldt: a Metabiography von Prof. Rupke ist in einer zweiten, korrigierten Paperback-Auflage bei Chicago University Press erschienen.