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Körpergröße des bislang einzigen bekannten Männchens etwas über 2 mm, das Weibchen ist unbekannt. Die Art unterscheidet sich von anderen Ctenosciara-Arten durch ihr zweifarbiges Aussehen: ein leuchtend orangefarbener Thorax und ein dunkelbrauner Hinterleib. Thorax und Abdomen der verwandten Arten der deutschen Fauna sind anders gefärbt: bei Ctenosciara lutea sind beide Körperteile hellgelb bis weißlich, Thorax und Abdomen von Ctenosciara hyalipennis sind variabel hell- bis dunkelbraun.
Die Flugzeit der Imagines liegt vermutlich im Sommer (Sammlungsdatum des Typusexemplars: Anfang Juni).
Diese Art ist bisher nur von einem einzigen Exemplar bekannt, das 2014 an der Typlokalität in Bonn (Nordrhein-Westfalen) gesammelt wurde. Heller und Rulik (2016) stellen jedoch fest, dass die COI-Gensequenz dieses Exemplars mit Sequenzen übereinstimmt, die von nicht identifizierten Ctenosciara-Exemplaren stammen, die in Neuseeland gesammelt wurden. Die Autoren vermuten, dass die neue Art entweder ebenfalls in Neuseeland vorkommt, oder dass eine sehr ähnliche Art, die sich in ihrer COI-Sequenz nicht unterscheidet, in Neuseeland existiert. Im Vergleich zu allen aus Neuseeland bekannten Ctenosciara-Arten ist Ctenosciara alexanderkoenigi der Art Ctenosciara nigrostyla Mohrig, 1999 am ähnlichsten, aber sie unterscheidet sich in der Färbung und in Details der männlichen Genitalmorphologie (Heller und Rulik 2016). Wenn Ctenosciara alexanderkoenigi also ursprünglich eine neuseeländische Art ist, dann ist sie in ihrem Heimatland noch unentdeckt. Heller und Rulik (2016) weisen darauf hin, dass der Garten des Museums Alexander Koenig, in dem die neue Art gesammelt wurde, eine große Anzahl exotischer Pflanzen beherbergt und somit die plausible Möglichkeit besteht, dass Ctenosciara alexanderkoenigi keine einheimische deutsche Art ist, sondern versehentlich mit Zierpflanzen eingeführt wurde.