Traditionell wurden alle Schmerlen in der Familie Cobitidae (sensu lato) zusammengefasst. Immer wieder wurden aber auch einzelne Unterfamilien der Cobitidae sensu lato in den Familienrang erhoben. Seit der Arbeit von Stout et al. 2016 werden nun die monophyletischen Äste innerhalb der traditionellen Cobitidae sensu lato alle als separate Familien aufgefasst. Da die traditionellen Cobitidae sensu lato in der Analyse von Stout et al. 2016 ebenfalls monophyletisch sind (sie werden dort als "Loaches" (engl. für "Schmerlen") hervorgehoben, jedoch systematisch leider nicht weiter beachtet), besteht kein zwingender Grund, die monophyletischen Untereinheiten in den Rang von Familien zu erheben; ich folge dieser neuen Einteilung hier aber trotzdem. Die Arten um die Typusgattung Balitora bilden nun die Familie Balitoridae (im engeren Sinne), und die Arten um die Typusgattung Nemacheilus bilden die Familie Nemacheilidae. Die einheimischen Grundeln der Gattung Barbatula gehören zu den Nemacheilidae (siehe Tan & Armbruster 2018).